Когда часть Луны оказывается разрушена загадочным существом, мир быстро погружается в тревогу. Правительства пытаются понять природу новой угрозы, но вскоре ситуация принимает неожиданный оборот. Таинственное создание, назвавшее себя Коро-сенсей, не прячется и не атакует снова. Вместо этого он делает странное предложение. Существо с невероятной скоростью и почти неуязвимым телом добровольно становится учителем в классе 3-E престижной школы Кунугигаока. Этот класс давно считается позором учебного заведения. Здесь собирают учеников, которые провалились в учебе или нарушили дисциплину. Их держат отдельно от остальных, словно напоминая о неудачах каждый день. Появление Коро-сенсея меняет привычный порядок. Он сразу объявляет жесткое условие. У учеников есть время до окончания школы, чтобы убить собственного наставника. Если они не справятся, Земля будет уничтожена.
Учебные будни превращаются в необычное сочетание стандартных уроков и тренировок по устранению учителя. Школьникам выдают особое оружие, созданное специально против Коро-сенсея. Ребята разрабатывают планы, устраивают засады и придумывают ловушки, но каждый раз преподаватель с улыбкой уходит от атак. При этом он не просто наблюдает за их попытками, а искренне старается помочь каждому ученику раскрыть способности. Он подтягивает их оценки, учит работать в команде и поддерживает тех, кто давно потерял уверенность в себе. Со временем школьники начинают замечать, что за беззаботной манерой Коро-сенсея скрывается сложная история. Постепенно открываются детали его прошлого, связанные с болезненными потерями, научными экспериментами и решениями, которые навсегда изменили его судьбу.